Михаил родился в Петрозаводске. Но большую часть своей жизни провел в небольшом городе около Мурманска, там жила его бабушка, которая и воспитывала мальчика, пока его мама училась в Санкт-Петербурге. Позже Михаила забрала мама в северную столицу, там он окончил школу и поступил в театральный институт (Ленинградский Государственный институт театра, музыки и кинематографии на отделение Вениамина Михайловича Фильштинского). Признается, что в детстве мечтал стать машинистом поезда, но позже увлекся театром.

В 1996 году Михаил Трухин был принят в театр им. Ленсовета, где прослужил четыре года, после чего вступил в труппу театра «На Литейном». На сцене Театра на Литейном им были сыграны Астон в спектакле Гарольда Пинтера «Сторож», Лаевский в спектакле «Дуэль».

В кино Михаил Трухин дебютировал в начале 90-х. Одна из его первых ролей – солдат в остросюжетном фильме Владимира Бортко «Афганский излом». Дальше были съемки в "Улице разбитых фонарей", которые и принесли ему известность.  За съемочный день Михаил зарабатывал по тем времена сумасшедшие деньги - 150 долларов.

Еще учась в институте, Михил познакомился со своей первой будущей супругой Любовью Ельцовой.  Они поженились, когда возлюбленная сообщила актеру о беременности. В 1997 году у пары родился сын Егор, а в 2000 году - дочь Даша. Любовь занималась детьми, по професси не работала.

"Ужасно, что для наших с Любой детей развод оказался тяжелейшей травмой и они видели то, чего не должно быть в семейной жизни. Например, скандалы. Ненормально, когда дети становятся их свидетелями. Но такого, чтобы я все бросил к чертовой матери, забыл про сына и дочь, оставил их без помощи и начал заниматься собой и новой семьей, не было".

Со своей второй супругой Анной (моложе на 14 лет) Михаил познакомился в питерском клубе "Пурга". Девушка сама подошла к актеру, он пригласил ее за столик, после длительного разговора они обменялись номерами телефонов. На тот момент Михаил уже разошелся с супругой и собирался перебраться в Москву, где уже училась Анна. Через три года после знакомства возлюбленные росписались, через год у них родилась дочка Соня. Анна на данный момент занимается бизнесом, организует мероприятия.